Der dem evangelischen Glauben eigentlich zugetane Herzog Moritz von Sachsen aber verbündete sich mit dem Kaiser, der ihm hiergegen die Kurwürde für ganz Sachsen zugesagt hat. Der Herzog von Sachsen fiel mit seinen Truppen in das Kurfürstentum ein, worauf die Schmalkaldener ihr Heer, mit dem sie an der Donau bei Ingolstadt den kaiserlichen gegenüber standen, nach Kursachsen zurückgezogen haben.

Herzog Moritz von Sachsen hat sich am 30. Oktober 1546 mit den 'Hussern' des Königs Ferdinand I. zusammengeschlossen, Anfang November kampflos Zwickau genommen. Von hier zog er auf Wittenberg, dem geistigen Zentrum des Protestantismus, weiter. Die Universität zerstreute sich in alle Lande, Kinder und ältere Menschen flüchteten aus Wittenberg in der Angst vor einer Belagerung. Allerlei Kriegsvolk zog in die Stadt ein und verschanzte sich in den Befestigungen. Luthers Witwe spannte den Wagen an, auf dem das Nötigste aufgeladen war und flüchtete mit ihren Kindern und Melanchthon aus der Stadt. Auch Fabian Kaufmann begleitete den Wagen; der Famulus Wolf blieb im schwarzen Kloster zurück, um das Haus zu hüten. Über Dessau ging die Fahrt nach Zerbst, wo Melanchthon blieb, weiter nach Magdeburg, das von Flüchtlingen überfüllt war. Die Not war groß, so daß die Familie vom Verkauf einigen Silbers, das sie mitgenommen hatten, leben musste.

Wittenberg wurde belagert, der Sturm auf die Stadt jedoch abgeschlagen. Die Umgebung, in der besonders die ungarischen Truppen, die 'Husser', wie man sie nannte, lagerten, wurde geplündert und stark in Mitleidenschaft gezogen.

Es ist nicht gelungen, die Festung einzunehmen. Anfang des Jahres 1547 belagerte Kurfürst Johann Friedrich von Sachsen Leipzig, woraufhin die Truppen von Wittenberg abgezogen wurden. Käthe Luther kehrte nach Wittenberg zurück.

Leipzig wurde stark beschossen, aber nicht erobert. Markgraf Albrecht von Brandenburg, der sich mit Moritz von Sachsen verbündete, kam in die Gefangenschaft der Schmalkaldener. Viele Fürsten glaubten, daß der Kaiser der evangelischen Religion innerhalb seiner Reformpläne die Freiheit geben würde.

Truppen aus Spanien und Italien verstärkten die kaiserlichen Heere, die besonders gegen evangelische Pfarrer und deren Familien vorgingen. Überall in den Landen flackerte das Feuer, vor allem die Ungarn waren unbarmherzig und räuberisch. Man drohte nach Eroberung Wittenbergs Luthers Leiche auszugraben und den Hunden vorzuwerfen, Melanchthon zu erwürgen, Bugenhagen in Stücke zu schlagen und die ganze Stadt dem Boden gleich zu machen.

Der sächsische Kurfürst wollte sich in seine Residenz nach Wittenberg zurückziehen. Bei Mühlberg setzte er über die Elbe, traf auf die feindlichen Truppen und wurde am 24. April 1547 vernichtend geschlagen. Der Versuch Kurfürst Johann Friedrichs, sich auf seine Festung Wittenberg zurückzuziehen, mißlang. Wegen Dicke und Schwere seines Leibes mußte er einen Wagen benutzen, der von den schnellen ungarischen Reitern leicht eingeholt werden konnte. Auf der Lochauer Heide wurde er gefangen genommen, als er sich dabei widersetzte, an der linken Wange verwundet. Thilo von Trotte, ein Freund Herzog Moritz von Sachsens, konnte die aufgebrachten Ungarn zurückhalten, gab sich dem Kurfürst zu erkennen, worauf dieser ihm zum Zeichen der Unterwerfung seine Ringe übergab. Herzog Alba kam hinzu und hat den Gefangenen dem Kaiser überbracht.

Die Nachricht der Niederlage verbreitete sich schnell in Wittenberg. Erneut ging Katharina auf die Flucht in eine ungewisse Zukunft. Von ihrem Kurfürsten konnte sie nichts mehr erwarten, er war vom Kaiser zum Tode verurteilt worden. Auch der Landgraf Philipp von Hessen hat sich nach der Niederlage von Mühlberg in Halle dem Kaiser unterworfen und kam in Gefangenschaft. Wolf von Creutzen war als Oberst in der belagerten Stadt und wohnte im Kloster.

Gemeinsam mit Melanchthon sowie der Familie Major mit ihren zehn Kindern zogen sie zunächst nach Wernigerode. Hier fanden die Flüchtlinge Aufnahme im 'Gotischen Haus' des Rentmeisters der Grafen von Stolberg, Reifenstein; er war mit Barbara Meme aus Hettstedt verheiratet, einer Schwester der Ehewirtin von Jacob Luther, dem Bruder des Reformators. Der Sohn aus dieser Ehe, Wilhelm Reifenstein, war bis zum Tode D. Martin Luthers sein Famulus. Er fertigte kurz vor dem Tode des Reformators eine letzte Zeichnung von ihm, deren Überschrift aus der Hand Melanchthons stammen soll. Die Übersetzung der Überschrift lautet: 'Dir war ich eine Pest im Leben, nach meinem Sterben soll mein Tod den Rest dir geben, Oh Papst!'

Nach einigen Tagen Aufenthalt in Wernigerode ging es weiter nach Helmstedt, wo sie vom Stadtrat großzügig untergebracht wurden.

Als Folge der katholischen Reaktionen waren die lutherischen nicht allenorts gerne aufgenommene Gäste. Weil man einen erneuten Angriff auf die restlichen, zerschlagenen Truppen des Kurfürsten befürchtete, die sich im Raume Magdeburg zusammengezogen hatten, ging die Reise weiter nach Braunschweig. Hier wurden die Familien von dem evangelischen Abt aufgenommen. Katharina wollte nach Dänemark zu ihrem noch verbliebenen Gönner König Christian III.; Melanchthon aber scheute diese Reise, damit man des Wassers wegen nicht versöffe und ertrüncke. Melanchthon reiste auf Einladung des dortigen Bürgermeisters nach Nordhausen; Major zog mit der Familie in seine frühere Heimat nach Nürnberg. Die Lutherwitwe kam mit den Kindern jedoch nur bis vor Gifhorn, wo viele Truppen zusammengezogen waren, so daß Herzog Franz sie nach Braunschweig zurückschickte.

Im Mai 1547 wurde Wittenberg von dem kaiserlichen Heer besetzt. Kaiser Carl V. und König Ferdinand I. ritten vor die Schloßkirche und huldigten das Grab D. Martin Luthers. Jegliche Schändung des Gedenkens an den Reformator hatte der Kaiser verboten, darüber hinaus erlaubte er keinem ausländischen Soldaten den Zutritt in die Stadt. Den Kurfürst Johann Friedrich hat er auf Fürbitten des Kurfürsten von Brandenburg und des Herzogs Moritz von Sachsen, dem Vetter von Johann Friedrich, von der Todesstrafe begnadigt. Seiner Gemahlin und den beiden Söhnen erlaubte er den freien und unbeschädigten Auszug nach Thüringen.

Am 4. Juni 1547 erhielt Herzog Moritz im Lager auf der Bleserischen Wiese vor Wittenberg vom Kaiser die versprochene Kurwürde. Die Stadt und Universität Wittenberg huldigte ihrem neuen Kurfürsten. So forderte der Bürgermeister Reiter und Bugenhagen Katharina Luther auf, nach Wittenberg zurückzukehren. Im Juli zog die Familie wieder in das unzerstört gebliebene schwarze Kloster ein. Ihr alter Famulus und treuer Diener Wolf war zwischenzeitlich verstorben. Viele Baulichkeiten und die Felder des vor der Stadt liegenden Gutes Wachsdorf waren durch die Kriegshorden zerstört und mußten neu aufgebaut und beackert werden. Nur eine kleine erste Ernte konnte im Herbst eingebracht werden.

Der im Kriegsjahr nur notdürftig aufrecht erhaltene Universitätsbetrieb kam wieder in Gang. Melanchthon und die meisten Professoren kehrten nach Wittenberg zurück. Auch Lucas Cranach blieb, wurde aus dem Kurfürstlichen Dienst aber entlassen, weil er sich weigerte, mit nach Weimar überzusiedeln. Die Säle des Lutherhauses wurden nun von der Universität zu Vorlesungen genutzt. Langsam kamen auch wieder Kostgänger in das Haus und einige Zimmer konnten vermietet werden. Christian von Dänemark leistete den Hinterbliebenen Luthers weiter ein Gnadengeld von 50 Thalern. Alleine von der Tischhaltung konnte man nicht leben, wofür von jedem Gast pro Woche mit Trank 14 Groschen, trocken nur 5 Groschen gezahlt wurden.

Auch in Mansfeld haben die Kriegsereignisse ihre Auswirkungen gehabt. Jacob Luther, der Bruder des Reformators, wird 1547 Faktor der Silberhütte, sowie im Putzkental und der Eichhütte. Wegen der notwendigen Bleiversorgung orientiert er sich im Bergbau um Goslar, wo er schließlich westlich der Stadt mit der unteren Kiefhütte eine Bleischmelze betreibt. Sein Sohn Martin hat das Studium in Wittenberg beendet und ist nach Mansfeld zurückgekehrt. Von hier aus ging er ebenfalls nach Goslar und erwirbt dort in der Stadt ein Haus an der Markt Pfarre.

So kam es zur faktischen Anfechtung von Luthers Testament wobei der Kanzler Gregor Brück dem Kurfürsten vorgeschlagen hat, die verschriebenen 2000 Gulden, aber nur für die Kinder, mit 100 Gulden zu verzinsen. Der Kurfürst solle der Mutter und gesondert den Kindern Vormünder geben, die das Eigentum der Witwe und der Waisen sorgsam trennen. Dann müssen die Vormünder entscheiden, wovon die Kinder unterhalten werden sollen; den älteren Sohn nehme man am besten an die Kanzlei zu Torgau, damit er zu etwas käme, denn gäbe ihm seine Kurfürstlichen Gnaden ein Stipendium zur Fortsetzung des Studiums, wäre es schwerlich wieder zu kündigen. Das Töchterlein könnte bei der Mutter bleiben und aus den 2000 Gulden eine Rente von 30 bzw. 40 Gulden erhalten, die Kleidung aber aus den Mansfeldischen Geldern. So würde der Frau die vertunliche Haushaltung gebrochen und verhindert, dass aus den Kindern Junker und Lappen werden, denn sie hätte Wohnung umsonst, Ertrag aus Zülsdorf und den Gärten, könne brauen und Anteil an den Kapitalzinsen von Mansfeld haben. Wegen Wachsdorf möge der Hauptmann von Wittenberg, Asmus Spiegel befinden.

Hingegen setzte sich der Herzog Albrecht von Preußen für die Witwe ein: Die weil wir dem Doktor bei seinem Leben in allen Guten geneigt gewesen, so achten wir uns auch schuldig, seine nachgelassenen Kinder, seinen getreuen, fleißigen und christlichen Dienst genießen zu lassen, wie wir sie auch samt der Witwe in gutem Befehl haben.

Der lutherische Hausfreund und kurfürstliche Leibarzt Dr. Ratzeberger reichte nun das Gesuch, Wachsdorf für die Kinder zu kaufen, beim Kurfürst ein, dem die Gehässigkeit und Abneigung der Vorschläge seines Kanzlers nicht verborgen geblieben sind, er forderte Katharina auf, für die Kinder Vormünder zu benennen, die dann über den Kauf des Gutes befinden sollen.

Katharina Luther bedankte sich in einem Schreiben für die ersten Zuwendungen des Kurfürsten und schlug ihm den jeweiligen Stadthauptmann von Wittenberg, des Reformators Bruder Jacob und ihren Bruder Hans von Bora sowie den Bürgermeister Reiter, Melanchthon und den Leibarzt Dr. Ratzeberger als Vormünder für die Kinder vor. Sie sei damit einverstanden, daß aus den kurfürstlichen Zuwendungen für die Söhne 1.500 Gulden auf Wachsdorf angelegt werden, der verbleibende Betrag von 500 Gulden solle später der Tochter Margarete ausgekehrt werden.

Der Kanzler sprach sich gegen Melanchthon als Vormund aus, denn dieser sei fromm, gutherzig und schwach, man solle der Frau aber Opposition halten. Gegen Caspar Cruziger, der nun Rektor der Universität war, hatte er nichts einzuwenden. Ihn aber wollte Käthe nicht, weil es noch zu Lebzeiten des Reformators zwischen ihm und der Lutherfamilie zu Spannungen gekommen war.

Kurfürst Johann Friedrich stimmte den Vorschlägen der Witwe zu, bestellte aber Cruziger zum Stellvertreter für Dr. Ratzeberger, weil dieser nur für die wichtigsten Angelegenheiten abkömmlich sei. Auch bestätigte der Kurfürst Luthers Testament, obwohl es, so es das Recht erfordern möge, mangelhaftig wäre, damit dessen Wille und der Witwen Verleibgedingung auch von den verordneten Vormündern unverbrüchlich nachgegangen, gehalten und nicht dagegen gehandelt werden solle. Gleichzeitig stellte er die Hinterbliebenen unter seinen ausdrücklichen persönlichen Schutz.

Die Vormünder Ratzeberger, Reiter und Jacob Luther kauften jetzt von dem Kosmographen Professor Sebald Münster das etwa 80 Hektar große Lehnsgut Wachsdorf zum Preis von 2.220 Gulden für die drei Söhne des Reformators. Der Kanzler überbrachte vom Kurfürsten die 2.000 Gulden, so dass gemeldte Gabe in liegende Güter umgewandelt werde, und Katharina versicherte, dass sie solche Güter den Kindern zu Gute treulich und fleißig warten wolle. Damit für die Bewirtschaftung weitere Gelder zur Verfügung stehen, bemühte sich Jacob Luther um vorzeitige Zahlung eines Teilbetrages in Mansfeld.

Als nun 20jähriger hat der älteste Sohn des Reformators, Johannes Luther, die Aufgabe des Familienoberhauptes übernommen und sich besonders um die Belange der jüngeren Geschwister bekümmert. Ihm stellte es der Kurfürst frei, eine Stellung in seiner Kanzlei anzutreten oder weiterhin zu studieren. Hierauf schrieb Johannes, dass er wohl verstehe, dass der Stand in der Kanzlei ein sehr ehrlicher Dienst ist, ich weiß aber, dass mein lieber Vater vor dieser Zeit hat nicht willigen wollen, dass ich außer Schul ziehen soll. So wollt ich gern länger studieren. Und so ich dann zu einer Fakultät tüchtig, wollt ich lieber procedieren im Studio. So mich aber seine kurfürstlichen Gnaden alsdann gnädiglich gebrauchen wollten, stelle ich dasselbe auch zu seiner kurfürstlichen Gnaden in Untertänigkeit. So setzte Johannes sein Studium in Artibus fort; die beiden jüngeren Brüder wurden weiter von Ambrosius Rutfeld unterrichtet. Martin neigte dazu, wie sein Vater ein Theologe zu werden; Paul war kränklich und hatte ein besonderes Talent in der Musik. Das Ansinnen, nun beide zu einem Magister in die Stadt zu geben, lehnte die Mutter ab. Bei all dem fremden Volk könnten sie eher in schlechte Gesellschaft geraten, als im eigenen Hause.

Für die Kinder des Reformators war somit ein edelmännisches Erbgut gesichert. Katharina bemühte sich um die Bewirtschaftung des gleich über die Elbbrücke im Kirchspiel Pratau gelegenen Wachsdorf; den Kosttisch für Studenten und Besucher der Universität weitete sie wieder aus, womit die notwendigen Einnahmen ins Haus kamen. Auch der alte Famulus Wolf verblieb im Hause auf seinem Altenteil, wurde aber bequem und bekümmerte sich am liebsten um seine Vogelzucht.

Katharinas Bruder Hans von Bora wurde nicht zum Vormund für die Lutherkinder mit benannt. Er war gerade zuvor vom Kurfürsten zu einem geringen Entgelt mit einem Rittergut bei Krimmitschau beliehen worden. Hierdurch hatte er alle Hände voll zu tun, um dort wieder einen angemessenen Besitz für das alte Geschlecht aufzubauen.

Der Teufel rührt sein Grundsüpplein, sagte Luther einst und rief mit seiner 'Warnung an die lieben Deutschen' in die Zukunft hinein. Von diesem Aufruf zum Frieden ließ im Sommer 1546 Melanchthon eine Neuauflage drucken.

Die Einigkeit des Reiches mit seinen eigenständigen Fürstengebieten war zerstritten, die innere Ruhe nur durch Auseinandersetzungen und Kriege des Kaisers nach außen gewahrt. Durch einen Friedensabschluß besonders mit Frankreich wandte sich Kaiser Carl V. nun wieder den inneren Reichsproblemen zu. In religiösen Fragen wollte er nicht unbedingt die Wiederherstellung des katholischen Glaubens, sondern die Reform einer neuen, gereinigten Reichskirche. Auch Papst Paul III. setzte sich für eine Bereinigung kirchlicher Mißstände ein. Er näherte sich sogar teilweise dem Protestantismus, lehnte aber die vom Kaiser angestrebten Programme für das Reich ab.

Die im Schmalkaldischen Bund zusammengeschlossenen Fürstentümer und Stände wollten nicht von ihrem Protestantismus abrücken, sich nicht der vom Kaiser angestrebten Reichskirche unterwerfen. Beide Parteien waren von der Gerechtigkeit ihrer Sache überzeugt, die in öffentlichen Schriften zur geistigen Auseinandersetzung gebracht wurden. Kursachsen und Hessen waren die führenden Kräfte des Bundes. Wegen ihres Ungehorsams verhängte der Kaiser über den Kurfürsten Johann Friedrich von Sachsen und den Landgrafen Philipp von Hessen die Reichsacht. Daraufhin zogen die Schmalkaldener mit einem Heer von etwa 100.000 Mann gegen ihre Feinde.